その度に、サイトの構造とブログの設定 を確認してコメントしたりしていたのですが、同じようなところが問題になっているのかな という感じもするので、これまで回答した内容などを理解してもらうために、再度まとめ記事を作ってみました。
重複エラー対策 <head>部分の設定，概要
PC用テンプレート の設定
<!--index_area--><title><%blog_name></title><!--/index_area-->
<!--titlelist_area--><title><%blog_name> （全記事一覧）</title><!--/titlelist_area-->
<!--permanent_area--><title>
<%sub_title> 【 <%blog_name> 】</title><!--/permanent_area-->
<!--edit_area--><title>コメント no.
<%eno> 【 <%blog_name> 】</title><!--/edit_area-->
<!--date_area--><title>
<%now_year>年
<%now_month>月 day
<!--topentry-->.<%topentry_day> <!--/topentry--> 【 <%blog_name> 】</title><!--/date_area-->
<!--not_index_area--><!--not_titlelist_area--><!--not_permanent_area--><!--not_edit_area--><!--not_date_area--><title>
<%sub_title> no
<!--topentry-->.<%topentry_no><!--/topentry--> 【 <%blog_name> 】</title><!--/not_date_area--><!--/not_edit_area--><!--/not_permanent_area--><!--/not_titlelist_area--><!--/not_index_area-->
[ 詳細記事 ：
Google タイトルタグの重複対策 ]
※データエリアの設定は、ブログの環境によっては この設定ではない方が （重複対策の面では） 確実な場合もあります。 詳細は データエリアの項目を参照してください。
<!--index_area--><meta name="description" content="
<%introduction>" /><!--/index_area-->
<!--permanent_area--><!--topentry-->
<!--topentry_tag-->
<meta name="keywords" content="
<!--tag_list--><%topentry_tag_list_name>,
<!--/tag_list--><%topentry_category>" />
<meta name="description" content="
<!--tag_list--><%topentry_tag_list_name> <!--/tag_list-->に関する記事。<%sub_title> のページです。" />
<!--/topentry_tag--><!--/topentry--><!--/permanent_area-->
[ 詳細記事 ：
FC2ユーザータグを利用したSEO対策 ]
[ 関連記事 ：
ブログのアクセス解析で気になったこと ]
※共有テンプレート ari_seoシリーズ には、個別記事ページの description の設定は入れていません。 （入れた方がベストか 入れない方がベストかは 一概には判断できない為です。） 使いたい方は 記事を参照の上、任意で追加してください。
<!--permanent_area--><link
rel="canonical" href="<%url>blog-entry-<%pno>.html" /><!--/permanent_area-->
<!--titlelist_area--><link
rel="canonical" href="<%url>archives.html" /><!--/titlelist_area-->
※ rel=canonical は、他に <!--index_area--> などにも使えます。 共有テンプレートのデフォルトには 特に設定していませんが、各自追加しておくことをお勧めします！
モバイルテンプレート（携帯用） の設定
<!--not_page_area--><!--not_permanent_area--><!--not_mplugin_area-->
<meta name="robots" content="noindex,follow"><meta name="Googlebot" content="noindex,follow">
<!--/not_mplugin_area--><!--/not_permanent_area--><!--/not_page_area-->
<title>ﾓﾊﾞｲﾙ版 <%blog_name><!--not_index_area--> - <!--/not_index_area--><%sub_title><!--page_area--><!--not_index_area--> no<!--topentry-->.<%topentry_no> <!--/topentry--><!--/not_index_area--><!--/page_area--></title>
[ 詳細記事 ：
携帯用テンプレートの タイトルタグの重複対策 他を強化しました。 ]
※検索エンジンにインデックスされる可能性がある 携帯用のページ は、
<!--page_area--> （ページエリア： <!--index_area-->，<!--category_area-->，<!--date_area--> を含む），
<!--permanent_area-->（個別記事ページ），
<!--mplugin_area-->（モバイルプラグインエリア） になっています。
FC2ブログの各エリア と 一般的に使われている主なURL
実際には、これ以外の形式を使ってもアクセス可能なのですが、一般的に利用されるURLの形式 を載せておきました。 灰色のリンク になっているものが インデックスされたくないページで 検索避けなどの対策を取っているページです。
-
トップページ <!--index_area--><!--/index_area-->
- PC用と携帯用の 各トップページ。 これが重複してたら勿体ない。。
-
個別記事ページ <!--permanent_area--><!--/permanent_area-->
- コメントを投稿した後の戻りページは ./?no=記事番号 になっている。 コメント後などに このアドレスでブックマークされ、そのままリンクを張られたりすることも多い。 PC用には rel="canonical" を設定してみたので効果を期待。
- また、公式テンプレートの多く or 一部の作者さんのテンプレートでは パスワード無しのコメントにも 「編集」 という表示の ./?no=記事番号 へのリンクが張られているものが結構あるようです。 これは 簡単なタグの書き換えで修正可能。
<!--comment_edit-->[ <a href="<%comment_edit_link>">編集</a> ]
<!--/comment_edit-->
※<!--comment_edit--> を入れておけば、コメントにパスワードを入れていない場合は、「編集」 というリンクは表示されなくなります。 パスワードなしのコメントに ./?no=記事番号 が付いたり、承認待ちコメントに トップページへの無意味なリンク が張られてしまうことを防げます。
※ちなみに．．．一部の共有テンプレートでは、全てのコメントをパスワードの有無に関係なく コメント編集エリア に繋いでいるケースもあるようです。
- 携帯用の 公式テンプレートや一般的テンプレートでは <!--topentry-->内のからのリンクは ./?mode=m&no=記事番号 のリンクへ繋がり、<!--topentry-->外の「本文へ戻る」リンク 及び 公式プラグイン最新記事から は ./?m&no=記事番号 へと繋がっているものが多い。 私の共有テンプレートでは これを ./?mode=m&no=記事番号 へ繋ぐように統一させてあります。
※私の共有テンプレートを使っている方でも、携帯用プラグイン「最新記事」 を利用する場合、そのリンクも同じ形式に揃える必要があります。 （個人的には 携帯用の「最新記事」プラグインは必要ないような気がします。。）
- 全記事一覧ページ <!--titlelist_area--><!--/titlelist_area-->
- 両方を設置してしまっているケースを見かけますが、どちらかに統一した方がいいです。 私の共有テンプレートでは ./archives.html を数箇所で使っていますので、もしそれ以外にプラグインなどを使っている方は リンクを確認してください。
- ./?m でアクセスされることも多いので、rel="canonical" を設定しておくと安心かも。
-
カテゴリー別ページ <!--category_area--><!--/category_area-->
タグ検索結果ページ <!--tag_area--><!--/tag_area-->
検索結果ページ <!--search_area--><!--/search_area-->
- ページ送りがあるエリア。 私の重複対策を取っていても、「ページ送りのある カテゴリーの削除，タグ の削除」 は 即重複につながります。
- 最初にアクセスするページ と 2ページ目に進んでから 「前のページへ」などのリンクで戻った場合のページではアドレスが異なってしまう仕様があります。 （図2 参照） この両方をクロールされた時点で重複が発生していまいますが、新規にインデックスされてしまうことへの対応策として、「前へ」 のリンクを rel="nofollow" で塞ぎ、「次へ方向のみ」の片側通行にしてしまう対策をとっています。
[ 参考 ： rel="nofollow" 属性について - ウェブマスター ツール ヘルプ ]
<!--not_permanent_area-->
<p>
<!--prevpage--><a
rel="nofollow" href="<%prevpage_url>">← 前のページ</a>
<!--/prevpage--><!--nextpage--> <a href="<%nextpage_url>">次のページ →</a><!--/nextpage--></p>
<!--/not_permanent_area-->
※注意：あくまでも概略です。 場所が探せないなど 良く解らなければ手をつけない方が良いと思います。 私の共有用テンプレートでは 携帯用にはこれを設定済みですが、 PC用（ari_seoシリーズ）には未設定です。 使いたい方は任意に追加してみてください。 図の2箇所です。 <!--prevpage--> の片側だけですので間違えないように。。
-
月別ページ，日別ページ <!--date_area--><!--/date_area-->
-
正式名称のないページ （<!--page_area--><!--/page_area--> の一部）
- インデックスされても 殆ど意味がないページだと思いますが、一般的テンプレートでは、このページのタイトルは トップページ と一緒になっているので 重複対策が必要。
- PC用テンプレートでの <!--page_area--> には、 <!--index_area--> も含まれます。
- 携帯用テンプレートでの <!--page_area--> には、 <!--index_area-->，<!--category_area-->，<!--date_area--> も含まれます。
- コメント編集ページ <!--edit_area--><!--/edit_area-->
- 一般的テンプレートでは、このページのタイトルは 個別記事ページのタイトル と一緒になっているので 重複対策が必要。 もしくは検索避けなどで。
- 通常は、コメントにパスワードが付いたものだけに このページが作られますが、稀に パスワードの有無に関係なく ./?mode=edit&rno=コメント番号 のコメント編集ページに繋いでいる共有テンプレートもあるようです。
- モバイルプラグインエリア <!--mplugin_area--><!--/mplugin_area-->
-
モバイル トラックバック表示ページ <!--trackback_area--><!--/trackback_area-->
モバイル コメント表示ページ <!--comment_area--><!--/comment_area-->
- モバイル版では、コメント表示 が記事とは別ページになり ページ送りも発生します。 PC版のようにタイトルタグを編集することは可能ですが、そこまでしても無駄な気がするので タイトルは弄らず、 noindex にしています。
-
モバイル コメントフォーム画面 <!--form_area--><!--/form_area-->
一部の重複は パラメータ処理 や URLの削除リクエスト で改善可
クリックで画像を拡大します
Google ウェブマスターツール には パラメータ処理 や URLの削除 という機能もあります。
完全なものではないようですし、1つ間違えると 逆に不利になってしまうこともあると思うので、ここでは 方法の紹介のみ にしておきます。
パラメータ処理
サイト設定 → 設定 → 「パラメータ処理」 で任意のパラメータを調整できます。 図は 設定イメージです。これが良いという訳ではないので、あくまでも参考程度にしてください。
URLの削除リクエスト
サイト設定 → クローラのアクセス → 「URL の削除」 からリクエストを送ることができます。 ここで削除可能なものは限られていて、削除した記事や カテゴリーなどは リクエスト拒否となり 削除はできないみたいです。
追記 （2012/06/22） ：
現在は 仕様が変わり、記事 や カテゴリー の削除リクエストも可能になったようです。（削除したものの 再登録も可能） 内容整理などで 複数の記事やカテゴリーを削除した場合などには利用すると良いと思います。
但し、ドメイン直後にパラメータの付く タグ別ページ（?tag= ） などは、ページの削除ではなく サイトの削除 リクエストと解釈されてしまうようなので、ご注意ください。
以上。 上手くまとまりませんでしたが それだけ複雑だということです。 重複の数だけを気にするのではなく、自分の使っているテンプレートや ブログの設定 も見直し、最終的には自分が良いと思う方法を見つけて判断してみてください。
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共有テンプレート PC用：3作， スマートフォン用：3作， 携帯用：2作 を公開しています。
